Dès la fin du haut moyen-âge, 11ème–12ème siècle, la paroisse de Velles est érigée en prieuré, dépendant de l'abbaye Saint Gildas. L'église construite à cette époque est consacrée à Saint Etienne. Les deux principales familles aristocratiques du village y ont leur chapelle. De Boisé côté "épitre" et De La Faire côté "évangile" et y seront enterrés.
Au milieu du 19ème siècle, son état de délabrement conduira à sa reconstruction, décidée et validée par le préfet en1861, elle sera effective en1859. Les travaux seront réalisés par les entrepreneurs Bidault et Moine, sur les plans de l'architecte Dauvergne.
Dans le clocher, deux petites cloches, dont l'une datée de 1402 et l'autre plus récente baptisée Marie Charlotte le 24 décembre 1961, avec pour parrain Charles-Henri Balsan et pour marraine Marie-Thérèse Verspieren entourent la grosse cloche de 1870 baptisée Euphrasie.
Dans le chœur, deux grands tableaux donnés par Anne de Montaigu en 1882 et 1886 et récemment classés, représentent Le martyre de Sainte Solange et La Charité de Sainte Euphrasie.
Sont également classés trois panneaux de verrière datés du XIIIème siècle représentant :
